
2045-й год. Простая, на первый взгляд, работа по выслеживанию торговца оружием на западном побережье США втягивает группу наёмников ПРИЗРАК, состоящую из бывших членов Девятого отдела Бюро общественной безопасности Японии, в конфликт с невиданной доселе угрозой — постлюдьми, существами, значительно превосходящим киборгов. Члены Девятого отдела собираются вместе, чтобы противостоять этой новой угрозе.

«Майор» Мотоко Кусанаги, Бато и другие сотрудники секретного Девятого отдела разрешают международный кризис с заложниками, ведут охоту на самовольно покинувший полигон шагающий танк и расследуют серию самоубийств андроидов устаревшей модели. Когда погибает старый друг Тогусы, оперативники выходят на след загадочного хакера по кличке Смеющийся Человек.